Сериал "Хороший доктор" поведает историю талантливого хирурга Шона Мерфи, который страдает от редкого и неизлечимого заболевания, называемого синдромом саванта. Несмотря на выдающиеся умственные способности и талант во врачевании, главный герой сильно отстает от сверстников в социальном аспекте. Он крайне застенчив в общении с людьми, проявляет детскую непосредственность и не может разобраться в собственных чувствах. Друг семьи Шона, Аарон Глассман устраивает юношу на работу в детскую больницу Сан-Бонавентура, что находится в городе Сан-Хосе. Являясь главврачом учреждения мужчина может присматривать за Мерфи и давать тому наставления. Впрочем, очень быстро выясняется, что новый сотрудник прекрасно справляется со своими обязанностями и без особого контроля. Чуткость по отношению к пациентам и глубокие познания в медицине позволяют добиться выдающихся результатов. Известность к талантливому хирургу приходит после того, как к нему на операционный стол попадает мальчик, травмированный во время аварии в городском аэропорте. Благодаря грамотным действиям Шона, пациент остается в живых.